Преподобномученик Афанасий был выходцем из православной семьи, возможно, принадлежавшей к ремесленному сословию. Учился в Виленской братской школе, по окончании которой стал учителем. Около 1620 г. литовский канцлер Л. Сапега назначил св. Афанасия гувернером («инспектором») Яна Фаустина Лубы, вывезенного из России в Польшу польским шляхтичем Белинским, который представил его польскому правительству как сына Лжедмитрия I и Марины Мнишек (в действительности это был сын шляхтича Дмитрия Лубы).
В 1627 г. игумен Свято-Духова монастыря Иосиф (Бобрикович) совершил постриг св. Афанасия в монашество. Святой подвизался в Кутеинском оршанском и Межигорском монастырях. В 1632 г. в Вильно он был рукоположен во иеромонаха и назначен наместником игумена Добойского монастыря под Пинском.